Od 2002 roku Gmina Jonkowo posiada herb opracowany zgodnie z obowiązującymi zasadami heraldyki i przyjęty uchwałą Rady Gminy Jonkowo. Autorem projektu herbu jest dr Robert Syrwid. Symbolika herbu odnosi się do elementów historii i dnia dzisiejszego Gminy Jonkowo. Postać umieszczona w lewym polu to Święty Jan Chrzciciel – patron kościoła parafialnego w Jonkowie. W prawym polu natomiast znajduje się drzewo bukowe – symbol znajdującego się na terenie Gminy Jonkowo Leśnego Rezerwatu Przyrody "Kamienna Góra", utworzonego dla ochrony drzewostanu buczyny pomorskiej.